Debutó ante Club Guaraní, por la Copa Libertadores, el 6 de marzo de 2001, ingresó por Nelson Cuevas, a 17 minutos del final; le dio una asistencia a Javier Saviola y además convirtió un gol.
Con 18 años y cuatro meses de edad, Fernando Cavenaghi debutó en Primera en el partido en el que River Plate, dirigido por el Tolo Gallego, venció a Estudiantes de La Plata por 6 a 2 por el Clausura 2001. Ingresó a los 38 minutos del segundo tiempo en reemplazo de Javier Saviola.
Su primer gol lo convirtió en la séptima fecha del mismo torneo, de local en un 3 a 2 contra Argentinos Juniors. En su primera temporada completa anotó 17 goles en 23 partidos. Meses más tarde, con apenas 18 años, Fernando disfrutaba por partida doble: se proclamaba campeón de un torneo regular de Primera División junto a sus compañeros por primera vez en su corta y exitosa carrera deportiva, en el Clausura 2002, y se consagraba goleador de dicho torneo con 15 tantos. Pese a lesionarse, en el torneo siguiente, el Apertura 2002, convirtió 7 goles.
Ese no sería su último logró: en el Clausura 2003 volvió a levantar otra copa de campeón, siendo el máximo anotador de su equipo y el tercero en la tabla final de goleadores del torneo (detrás de Luciano Figueroa y Roberto Nanni) con 13 goles convertidos (uno solo de penal).
El 16 de mayo de 2004, en la Bombonera frente al Boca Juniors, de cabeza convirtió el único gol de su equipo. Le dio el 1-0 al equipo dirigido por Leonardo Astrada, a los 37 minutos del primer tiempo, luego de un tiro de esquina desde la derecha. Claudio Husaín metió un frentazo en el primer palo, corrigiendo la dirección de la pelota y dejando sin reacción al arquero del equipo contrario, Roberto Abbondanzieri.
Antes de cumplir los veinte años había logrado notables resultados en su carrera deportiva. El último título conseguido en River fue en el Clausura 2004, además su último torneo en la institución. Fue el goleador del equipo con 9 tantos. En total, haste ese momento, en la entidad de Núñez, había marcado 72 goles en un total de 122 partidos, antes de firmar con el club ruso Spartak de Moscú, en el comienzo de la temporada 2004/2005, por un precio de £ 6,5 millones.
En julio de 2011 rescindió contrato con Internacional de Porto Alegre para pasar al club en el que debutó, River Plate, para ayudar a su equipo a ascender a la Primera División, luego de descender por primera vez en su historia.
Regresó al club junto a su amigo, Alejandro Domínguez. De esta manera Cavenaghi pasó a ser capitán del equipo en su paso por la Primera B Nacional.
El sábado 3 de septiembre, en la cuarta fecha del Primera B Nacional 2011/12, convirtió su primer gol con la camiseta de River desde su regreso, contra Quilmes. Volvió a marcar, contra Defensa y Justicia por la fecha quinta en el empate 2-2. Marcó su primera tripleta desde que volvió al Millonario, el 5 de octubre de 2011, en un partido contra Atlanta por la novena fecha. En la decimosegunda fecha le convirtió un gol de penal a Aldosivi. Convirtió 4 goles en el partido frente a Gimnasia y Esgrima de Jujuy por la decimotercera fecha del torneo. Fue la primera vez que Cavenaghi convirtió 4 goles para la institución de Núñez y hacía 9 años que un jugador de River no convertía 4 goles en un mismo partido, precisamente desde el 20 de febrero de 2002, cuando Ariel Ortega le marcaba cuatro tantos a Unión de Santa Fe, en lo que fue una cómoda victoria de River por 6-0. Cavenaghi había convertido los dos goles restantes. En la decimoquinta fecha convirtió 2 goles frente al club Guillermo Brown. Volvió a marcar contra Rosario Central, en lo que fue su primer gol en el retorno al Monumental en el empate 1-1. El domingo 5 de febrero de 2012 Cavenaghi convertiría un golazo en el empate 1 a 1 frente a Almirante Brown, lo que seria su décimo cuarto gol desde su regreso a River Plate. El Torito terminaría la primera etapa del torneo siendo el goleador de su equipo con 15 goles en 19 partidos.
En la fecha vigesimoprimer del torneo convertiría el primer gol de su equipo en la goleada 3 a 0 de River Plate a Independiente Rivadavia; en la tercera fecha, frente a Desamparados de San Juan dio dos asistencias de gol, una a Rogelio Funes Mori y otra a David Trezeguet. El 17 de marzo de 2012 Cavenaghi convirtió un doblete en la victoria de su equipo por 3-0 ante Deportivo Merlo; en la fecha 29 volvió a convertir en el partido que River derrotó a Huracán por 2-0. El 19 de mayo de 2012 marcó un gol de tiro libre en un empate por 2 a 2 frente a Guillermo Brown. Terminó la temporada de la Primera B Nacional 2011/12 con 19 goles en 38 partidos, siendo el goleador del equipo en el torneo. Luego de una temporada en la Primera B Nacional, el equipo logra la vuelta a la Primera División del fútbol argentino consagrándose campeón de la divisional, cumpliendo con su objetivo y el de Alejandro Domínguez de devolver a River a la Primera División de Argentina.
El 27 de junio del 2012 el DT de River Plate, Matías Almeyda, tras renovar su contrato como técnico, manifestó públicamente que no tendría en cuenta al goleador y capitán del equipo para la temporada siguiente.
Perdiste la memoria? aqui estan todos sus goles
